กระรอกมีลักษณะโครงสร้างของขากรรไกรที่คล้ายกับบรรพบุรุษ กระโหลกกว้างจนถึง Zygomatic plate เพื่อเป็นจุดยึดเกาะของ lateral branch ของกล้ามเนื้อ masseter มีจุดเริ่มจากสันนูนด้านข้างของกระดูก rostrum (กระดูกจะงอยปาก) ที่เรียกว่า masseteric tubercle ใน intraorbitalforamenไม่ได้ขยายใหญ่พื่อส่งผ่านกล้ามเนื้อ เหมือนพวก myomorphous(หนู mice และหนู rat) และ hystricomorphous (หนู cavy และหนูตะเภา) กระรอกนั้นมีลักษณะร่างกายหลักๆ 3 แบบ คือ กระรอกต้นไม้ กระรอกดิน และกระรอกบิน กระรอกต้นไม้จะมีหางยาวเป็นพวงกรงเล็บที่แหลมคมและมีหูขนาดใหญ่บางพันธุ์ที่ปลายหูมีขนเป็นพู่กระรอกบินมีผิวหนังที่ปกคลุมด้วยขนยื่นออกจากลำตัวยาวจากข้อมือจนถึงข้อเท้าเพื่อให้สามารถร่อนไปมาระหว่างต้นไม้ได้ กระรอกดินนั้นโดยทั่วไปมีลักษณะแข็งแรงกว่ากระรอกต้นไม้และมีขนที่สั้นกว่ามีขาหน้าที่แข็งแรงไว้สำหรับขุดมีหางที่มีลักษณะเป็น fur และไม่เป็นพวงเหมือนกระรอกต้นไม้ กระรอกมีลักษณะเหมือนสัตว์ฟันแทะอื่นๆ คือมีนิ้วเท้า 5 นิ้วในเท้าหลัง และ 4 นิ้วในเท้าหน้า ซึ่งมีการพัฒนาเป็นอุ้งเท้าเป็นอย่างดี กระรอกมีขนาดตั้งแต่เท่าหนู อย่างเช่นกระรอกปิกมี่แอฟริกา ( Myosciurus pumilio ) ไปจนถึงไปจึงถึงพวกขนาดใหญ่อย่างมาร์มอทและวูดชัค (genus Marmota )
กระรอกนั้นกะโหลกศีรษะกับจะงอนปากสั้นและมีรูปร่างโค้ง ส่วน postorbital process มีการพัฒนาดีและมีระยะห่างระหว่าง orbital กว้าง กระดูกแก้มยาวถึง frontals เพดานปากค่อนข้างสั้นและกว้างฟันกรามอยู่ระดับเดียวกัน Bullae มีขนาดใหญ่แต่ไม่ขยาย สูตรฟันของ sciurids คือ 1/1, 0/0, 1-2/1, 3/3= 20 -22, premolar อาจมีขนาดเล็กและมีรูปร่างเหมือนหมุด ยังคงหลงเหลือฟัน cheekteeth มีรากฟันที่พัฒนาเป็นอย่างดีเป็นแนวขวาง สำหรับกระรอกที่พบในประเทศไทยนั้น ตัวเต็มวัยส่วนใหญ่มีขนาดลำตัวที่วัดรวมส่วนหัวและลำตัวประมาณ200 มม.มีกรงเล็บที่แข็งแรงทั้งนิ้วมือและนิ้วเท้า กรงเล็บนี้กระรอกใช้เกาะกิ่งไม้และลำต้นขณะวิ่ง ทำให้สามารถวิ่งไปตามต้นไม้ได้ มีตาขนาดใหญ่และโปน ทำให้มองเห็นชัดเจนและสามารถแยกแยะวัตถุโดยเฉพาะแนวตั้งได้ดีความสามารถนี้เป็นประโยชน์อย่างยิ่งสำหรับสัตว์ที่ใช้ชีวิตส่วนใหญ่บนต้นไม้ ด้วยตำแหน่งของตาทำให้พวกมันสามารถมองเห็นด้านหน้า ด้านหลัง ด้านบนและด้านล่างได้โดยไม่ต้องหมุนศีรษะช่วยให้สามารถสำรวจและระวังอันตรายได้ ดวงตาของกระรอกมี conecellในเรตินาอยู่มากทำให้สามารถมองเห็นสีในเวลากลางวันได้
